சென்னையில் (அன்றைய மதராஸ்) மிகப் பரபரப்பாகப் பேசப்பட்ட லட்சுமிகாந்தன் கொலை வழக்கில் பாகவதர் மற்றும் அவரின் திரையுலக உற்றத் தோழரான என். எஸ். கிருஷ்ணன் உடன் கைது செய்யப்பட்டு 4 ஆண்டுகள் சிறைத் தண்டனைப் பெற்றார். தண்டனைக் காலத்திலேயே இவரின் வழக்கு மறுவிசாரணைக்கு எடுத்துக்கொள்ளப்பட்டு 1948- இல் இருவரும் குற்றமற்றவர்கள் என இரண்டு ஆண்டு சிறைக்குப்பின் விடுவிக்கப்பட்டனர்.

இருப்பினும் சிறை விடுதலைக்குப்பின் அவர் நடித்த திரைப்படங்கள் எதிர்பார்த்த வெற்றியை பெறவில்லை. அதில் நொடிந்துபோன பாகவதர் அதன்பின் திரைப்படங்களில் நடிக்க மனமில்லாமல் இருந்துவந்தார். நவம்பர் 1, 1959- இல் ஈரல் நோயினால் பாதிக்கப்பட்டு இளவயதிலேயே மரணமடைந்தார்.

தமிழ்த் திரையிலகில் அவரைப்போல வாழ்ந்தவருமில்லை, அவரைப் போல வீழ்ந்தவருமில்லை என்ற கருத்து அவருடைய ஆத்ம ரசிகர்களிடையேயும், திரையுலகிலும் நிலவுவது உண்டு.